Издавна применяется корень алтея в лекарственных целях. Он содержит крахмал и слизь и оказывает обволакивающее действие, сходное с действием семян льна, способствуя снижению воспалительных процессов и заживлению. Применяется корень алтея для лечения кашля и заболеваний ЖКТ. Он понижает кислотность желудка и эффективен при изжоге. Используется корень и при кожных заболеваниях разного происхождения. Из его отвара или настоя делают компрессы и примочки.
Корень алтея выкапывают весной или осенью. Рекомендуется выбирать двухлетние растения, которые успели накопить достаточно слизистых веществ, и корни которых ещё не сильно одеревенели. Выкопанные корни следует освободить от одеревеневших частей, порезать, высушить и хранить в стеклянной банке, поскольку он легко отсыревает. Из высушенного корня готовят настои, отвары и экстракты.